Στη Β’ Κατηγορία η ομάδα έμεινε μόνο για δύο σεζόν (10η θέση το 1983-84, 18η το 1984-85), επέστρεψε ωστόσο χάρη στη 2η θέση που κατέκτησε στο πρωτάθλημα της Γ’ το 1986-87, υπό τις οδηγίες του παίκτη-προπονητή Γιώργου Κονταξή.
Τρεις χρονιές άντεξε τότε ο Απόλλωνας στη Β’: 7ος το 1987-88, 15ος το 1988-89, 16ος το 1989-90.
Τα επόμενα 16 χρόνια, ο σύλλογος αγωνίστηκε στη Γ’ Κατηγορία, όταν το 2005-06, με προπονητή τον Λεωνίδα Μαρίνο, τερμάτισε 2ος στον όμιλό του και ανέβηκε ξανά στη Β’